Ensimmäinen Klovnit ilman rajoja, Payasos sin fronteras, perustettiin Barcelonassa heinäkuussa 1993. Idea syntyi kun Tortell Poltrona, espanjalainen klovni, kutsuttiin esiintymään Kroatiaan pakolaisleirille. Tämä esitys keräsi yleisökseen yllättäen 700 lasta ja todisti Poltronalle että kyseinen työ on tarpeellista. Hän perusti organisaation tarjotakseen huumoria eheytymisen tueksi yhteisöille, jotka kärsivät traumasta.
Seuraava projekti organisoitiin toukokuussa 1993 ja tällä kertaa Poltrona sai mukaansa kaksi kollegaansa Bonin ja Carolin. He kiersivät esiintymässä Kroatian pakolaisleireillä.
Näitä kahta ensimmäistä projektia seurasi aalto espanjalaisten esiintyvien taiteilijoiden projekteja entisen Jugoslavian alueelle.
Pian Ranska ja Ruotsi perustivat omat Klovnit ilman Rajoja yhdistyksensä. Projekteja tehtiin Länsi-Saharaan, Israeliin/Palestiinaan, Kolumbiaan ja muihin Keski-Amerikan valtioihin. Vuoteen 2000 mennessä oli perustettu yli sata projektia.
Suomeen Klovnit ilman rajoja perustettiin vuonna 2009. Sen lisäksi kansainvälisessä toiminnassa on mukana neljätoista maata (Australia, Belgia, Brasilia, Espanja, Etelä-Afrikka, Irlanti, Iso-Britannia, Itävalta, Kanada, Ranska, Ruotsi, Saksa, Sveitsi ja USA).
